La bacteria es un ser vivo, mientras que el virus no lo es, el virus no es capaz de reproducirse, mientras que la bacteria sí lo es. El virus no sobrevive mucho tiempo fuera de un organismo huésped, pero la bacteria sí. Las infecciones causadas por virus deben tratarse con medicamentos antivirales, mientras que las infecciones bacterianas requieren la ingesta de antibióticos.

Las alteraciones (síntomas) que provocan las infecciones virales y bacterianas en los diversos órganos o sistemas suelen ser similares y, por tanto, para identificar la causa, es necesaria la valoración del médico de familia o especialista, y la realización de laboratorio. Las infecciones virales y bacterianas a menudo causan quejas (síntomas) comunes como malestar general, debilidad y fiebre que aparecen como resultado de un estado general de inflamación. A nivel del aparato respiratorio, las infecciones tanto víricas como bacterianas provocan dolor e inflamación de garganta (faringitis), laringe (laringitis), tráquea y bronquios (bronquitis), pulmones (neumonía) con tos, aumento de secreción de mocos o flemas y , a menudo, fiebre. Las infecciones de origen bacteriano suelen producir una secreción purulenta de color amarillo verdoso, mientras que las infecciones víricas producen una secreción clara y viscosa. A nivel gastrointestinal, las infecciones virales o bacterianas pueden provocar vómitos, dolor abdominal y diarrea, en ocasiones en presencia de fiebre. En el tracto urogenital, las infecciones virales o bacterianas pueden causar inflamación y dolor en la uretra o la vagina, que se acentúa al orinar o tener relaciones sexuales. Además, pueden aparecer vesículas o pápulas localizadas en los órganos genitales externos. A nivel cutáneo, las infecciones víricas o bacterianas pueden provocar erupciones cutáneas o exantemas (manifestaciones de diversa índole que van desde el enrojecimiento de la piel hasta la aparición de ampollas y vesículas) o provocar pápulas, pústulas o furúnculos.

El tratamiento (terapia) de las infecciones difiere notablemente dependiendo de si las infecciones son causadas por virus o bacterias. Las infecciones bacterianas se pueden tratar con antibióticos de diferentes clases. La elección depende del tipo de infección, las características de la bacteria responsable y su sensibilidad a los antibióticos, lo que puede ser resaltado por una prueba llamada antibiograma. En los últimos años se ha producido un marcado aumento de los casos de resistencia a los antibióticos (resistencia a los antibióticos) por parte de diversos tipos de bacterias, fenómeno que dificulta la curación incluso de infecciones graves. Los antibióticos no tienen efecto sobre las infecciones causadas por virus. La aparición de resistencia a los antibióticos se ha visto facilitada a lo largo de los años por el abuso del uso de antibióticos que se utilizan a menudo para tratar infecciones virales, como la gripe, en las que no son eficaces. Para muchas de las infecciones causadas por virus no existe una cura específica y las infecciones se tratan únicamente con reposo y antiinflamatorios. Solo algunas infecciones de origen viral (por ejemplo, hepatitis B y C, VIH, herpes simple) pueden tratarse con medicamentos específicos llamados antivirales.