El material biológico tomado con el hisopo se analiza en el laboratorio mediante el método conocido como PCR en tiempo real o PCR cuantitativa (prueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa Inversa, si va seguida de las siglas RT significa que se realiza en tiempo real). tiempo). Se trata de una tecnología utilizada para identificar y cuantificar ácidos nucleicos, en este caso el virus, mediante el uso de marcadores particulares capaces de emitir luz (fluorescente). La primera fase del análisis consiste en extraer ácidos nucleicos para identificar la presencia de ARN viral (ácido ribonucleico). Una vez obtenido el ARN de la muestra biológica se procede a su amplificación y a la búsqueda y cuantificación de los marcadores genéticos específicos del SARS-CoV-2, es decir, aquella parte del ARN viral que caracteriza a la especie viral. Es el método más fiable para detectar incluso concentraciones muy bajas de ARN viral, pero si se realiza demasiado pronto y el virus no ha tenido tiempo de replicarse, el análisis puede dar un resultado negativo y hay que repetir el hisopo. Por lo tanto, ante un caso sospechoso, por ejemplo cuando el paciente presenta síntomas o ha estado en contacto con una persona infectada, si el primer hisopado da resultado negativo, es necesario repetir la muestra para su confirmación.